Farklı ekosistemlerden endüstriyel enzimleri üreten mikroorganizmaların taranması, izolasyonu, kemotaksonomik ve moleküler biyolojik yöntemlerle tanımlanması, seçilmiş enzimlerin fermentasyonla üretiminin optimizasyonu, enzim saflaştırma ve immobilizasyon süreçlerinin geliştirilmesi, aşırı koşullara karşı enzimlerin stabilizasyonu ve pazara yönelik formülasyonlarının oluşturulması birimin temel etkinlikleri arasındadır. Proteomik ve yönlendirilmiş mutagenez tekniklerini kullanarak proteinlerde yapı-işlev ilişkilerinin belirlenmesi, rekombinant mikroorganizmalarla enzim üretim tekniklerinin geliştirilmesine yönelik çalışmalarla, GMBE'de endüstriyel enzimleri üreten mikroorganizmaları muhafaza eden ve endüstrinin kullanıma sunan bir mikroorganizma kaynak merkezinin kurulması birimin hedeflerini oluşturmaktadır.
Birimdeki faaliyetler aşağıdaki laboratuvarlarda sürdürülmektedir;
Mikrobiyal proses teknolojileri (Mikrobiyal fermentasyon süreçleri)
İmmobilize enzim ve mikroorganizma teknolojisi
Mikrobiyal çeşitliliğin belirlenmesi
Enzim mühendisliği ve teknolojileri (Yem, tekstil, deterjan ve kozmetik sanayine yönelik mikroorganizma kaynaklı enzim üretimi)
Mikrobiyal proteomik
Mikroorganizma moleküler gen teknolojileri (Rekombinant DNA teknolojisi, klasik ve yönlendirilmiş mutagenez çalışmaları ile mikroorganizmalarda modifikasyonlar)
Mikroorganizma kaynaklı biyohidrojen ve biyoenerji üretimini de kapsayan sürdürülebilir biyoüretim teknolojisi.